文献管理
电子文献管理攻略
之前关于Zotero技巧。
这篇则侧重，如何打造一个半自动化的电子文献资料管理流程。这篇不讲基础安装、云同步等技巧，前面帖子已经讲得够多了。让我们开干吧，超详细，众多技巧汇合，请耐心看。
问题1：如何快速收藏电子书或者论文？
假设在豆瓣看了一本好书，如丹尼特新作【直觉泵】，网址如下：
点击浏览器右上角的Zotero图标，收藏即可：
Zotero 1
好了，打开Zotero，我们看到，该书已经保存在这里了。
Zotero 2
同样，对于论文你也可以如此处理，参照老文章，建议多使用Google Scholar
问题2：如何标记文献的重要性？
步骤如下：
1、在丹尼特这本书的条目这里，创建一个【重要文献】类似标签；
Zotero 3
2、在界面的左下角，找到【重要文献】该标签，然后右键，对该标签指派颜色：
Zotero 4
比如红色，同时会指派快捷键，如【1】如下图所示：
Zotero 5
3、以上操作只需要执行一次。未来就很爽了，看到好文献，直接键盘按【1】就表示喜欢。最多可分配6个数字。比如，1表示非常重要文献，2表示比较重要文献，诸如此类。
问题3：怎么判断文献重要性？
我们怎么判断文献特别重要呢？有三个简单办法：
- 作者的重要性：比如【H指数】
- 文献的引用次数：比如【Google学术引用次数】
- 文献的学术社交媒体影响力，比如【altmetric分数】
以前的文章与我最近的微博，都谈过最后一个办法【altmetric分数】，这里就不详细说了。只说第一个与第二个办法：H指数与Google学术引用次数。先说第一个：H指数。
H指数是什么？如果人际关系混得不错，在30以上，一般在国内可以拿下学霸地位。超过50，凤毛麟角，属于普通老百姓要珍惜的大牛级别科学家。比如，施一公是60。
比如，丹尼特这位作者的H指数可以在这里查询：Daniel C. Dennett - Google Scholar Citations
我们发现他高达68，那么就表示这位作者非常重要：
Zotero 6
我们对丹尼特这本书标记为很重要，那么，选中它，按个【1】就可以了，效果如下图所示：
Zotero 7
接下来，我们说说第二个简单办法，【Google学术引用次数】。当然，你可以去Google学术，查看被引次数，然后手动添加。比如，丹尼特这本书被引用9次：
Zotero 8
不过，懒鬼可不是这思路。我们可以借助插件自动更新【Google学术引用次数】。
因为新读者可能是第一次接触Zotero插件安装，这里多解释几句如何安装插件。
1、打开Zotero的【插件】窗口，位置如下所示：
Zotero 9
2、然后下载插件，比如该插件的下载地址是：
3、下载好了，回到Zotero的插件安装界面，如下图所示：
Zotero 10
安装好了，如有必要，重启Zotero即可。
好的，继续回到丹尼特这本书。我们点击右键，更新一下引用即可。
Zotero 11
问题马上来了，更新完了，我们看条目的【引用次数】那里还是空的啊！老阳，这是怎么回事！
Zotero 12
别急，这是该插件开发者为了避免将你条目自带的【引用次数】字段与【Google学术引用次数】冲突，所以，他将其保存在【其它】那个字段里面去了。怎么显示它？如下图所示：
Zotero 13
勾上它就可以了。我们再重新看一下界面，哇，【Google学术引用次数】真的有了！如下图所示：
Zotero 14
丹尼特大神这本书因为才出版没多久，所以才被引9次。而另一位大神2004年出版的Culture, leadership, and organizations，因为属于某个流派开山之作，被引用了3281次。
因为zotero-scholar-citations这个插件是可以批量更新【Google学术引用次数】的。如此一来，我们标记论文、图书重要性，就更容易了。不过需要特别注意的是，Google学术本身为了防止机器人，做了限制，你一次别更新太多文献了，那样，将弹出一个窗口，Google需要你填入验证码，确定你不是机器人，才能继续更新。
问题4：怎样查找英文原版电子书？
说一下怎么查找英文原版书。
1、电子书检索：http://t.cn/zY3Vmkp
这几个网站可检索到70%网上曾出现过的；
2、私有数据库：如果是心理学，推荐APA的psycinfo数据库与MIT的cognet数据库，新书多半可查到；
3、国家图书馆的英文新书非常齐全，多半可复印到，同时可辅以各高校藏书；
4、亚马逊，尤其是kindle直接购买电子书。
问题5：如何保存电子书？
好的，丹尼特这本书，我们假设已经查到了电子书。但是，从网上下载的电子书，命名乱七八糟，不一定符合你的规律，同时，能否自动将下载的电子书导入到Zotero库中？
有，这就是我之前在：Zotero（4）：Zotero之Zotfile插件的使用 中介绍过的Zotfile插件。
安装办法仍然同上一个插件一样，我们在它的官网找到插件下载：
http://www.jlegewie.com/zotfile.html
假设，我们平时从网上下载电子资料，都放在【download】目录下面，那么，在插件中心那里，设置Zotfile的常用目录是【download】目录。如下图所示：
Zotero 15
继续：
Zotero 16
完工！未来我们下载电子书时，就会自动导入。它的原理是这样的：
1、假设在Zotero中，我们的鼠标正选中了丹尼特这本书的条目。
2、此时，我们通过浏览器，下载了这本书的电子版，保存在【download】目录下面。那么，插件Zotfile就会识别出来，并且默认认为这个电子文件是该条目的附件。然后自动导入过来。它默认支持pdf、doc、txt等格式，你也可以设置更多格式，如常用的epub、mobi格式，如下图所示：
Zotero 17
3、同时，导入文件成功后，会自动将文件重命名为【作者出版年份文献标题】这种格式。当然，你不喜欢这种文件名格式，也可以在刚才那里自定义其它命名方法。
成功后，如下图所示：
Zotero 18
以前那些乱七八糟的PDF怎么处理呢？我们可以将每本电子书拖到对应条目下面。然后批量重命名即可。如下图所示：
Zotero 19
问题6：如何写笔记？
好了，收藏狂们一般非常乐意干前面5个步骤，却不太喜欢干这个步骤：读书与写笔记。
Zotero现已支持用Markdown格式写笔记，强！步骤如下，
1）在插件中心，安装Markdown here插件，http://t.cn/8kxA5bG
2）重启后，找到条目，然后新建一笔记，如下图所示：
Zotero 20
我们开始用Markdown语法写笔记。这是笔记原文。
Zotero 21
按下快捷键：【ctrl+alt+m】，你用Markdown写的笔记就生成为漂亮的文档了！下图是生成效果：
Zotero 22
什么？你还在问：Markdown语法是什么？枉我推广这么久。。。
去读这里：Markdown在线写作速成
问题7：Zotero如何配合altmetric分数？
什么是altmetric分数？它可以查出在论文互引网站、推特、科学博客、专业科学媒体上对论文的议论等。 当然，仅限国外科学媒体。
Zotero如何配合使用？我之前的两篇老文章介绍比较详细了，
这里重点讲讲平板上，如iPad上如何配合使用。
科技发展真快，zotero配合altmetric分数，可以按照论文社交媒体影响力，来排序了。这样同行在看的重要论文一目了然了。如下图所示：
Zotero 23
将文献按照altmetric分数排序即可。然后社交媒体影响越大的，就越排在前面。扫了一下今年我看的论文，同行热议的，集中在：
- 1、研究方法的讨论，第一篇就是；
- 2、计算社会科学类，如第二篇就是Facebook线索识别人格；
- 3、某个生理区域的突破；
- 4、纵向跟踪研究，如第五篇发现书呆子有利于保护认知老化。
问题8：看资料看晕了，怎么办？
有一种学问，叫做【科学计量学】，研究【科学的科学】，之前也写过很多文章介绍了。比如这篇：
其实，Zotero也可以完成类似任务。这就是我之前介绍过的papermachine插件。下载地址在这里：
How to Use Paper Machines | Paper Machines
对一个类别论文进行【文献可视化】分析，结果如下。先看词云（Word Cloud）的分析结果，如下图所示：
Zotero 24
再看看Topic Modeling的分析结果。如下图所示：
Zotero 25
前者可以看出该子类论文关键词；后者可看出从1990到2010年，该研究领域随时间的动荡。当然，我选择的示范数据不好，并不能体现出其厉害之处。
一个不算遗憾的小提醒是，papermachine插件目前只支持英文等语种论文分析，另一个问题是，它对版本兼容性要求较高。
问题9：mendeley与 Zotero，哪个更好？
这又是一个读者老问我的问题，谁叫这个世界上，有一种叫做【选择障碍】的病。这么说吧，开源世界的发展速度快于你的想象。 mendeley 被商业公司收购后，很多拥抱开放科学理念的科学家，开始抵制mendeley了，转投Zotero怀抱。如这位：
昨晚帮大家，再次测试mendeley，看一下它最新进展如何，结果还是不得不放弃，安心用我的zotero。它的缺点有什么呢？
- 其一，对于文献量庞大到一定程度的人，程序崩溃太频繁；
- 其二，它的zotero整合功能，还是无法自动导入子文件夹；
- 其三，搜索全方位弱于zotero，在Zotero中，我可以任意定义诸如【豆瓣近7天看的书】，【30天前看的BBS这本刊物的论文】，以备复习使用，而mendeley难以做到；
- 其四，mendeley超过2g空间就收费。Zotero至少10g空间随便用。
- 其五，对于中国用户来说，mendeley还有个致命缺点，无法导入豆瓣读书记录与github的程序库；无法将笔记与论文区分开。这样，只能将其当做文献管理软件而非知识管理软件用。
贵阳小杨哥(http://blog.yesmryang.net/tags/Zotero/)，也是忠实的开源软件Zotero推广者，在我的微博评论下，补充道：，也是忠实的开源软件Zotero推广者，在我的微博评论下，补充道：)
Zotero早就可以把「附件」和「题录」分开放置了！附件放Dropbox/skydrive/百度盘什么的，20G不是问题！
小结
开源程序的发展速度往往超出人们想象。目前Zotero引领的开源引文格式项目——CSL，已经突破六千多期刊。以致商业科技出版公司的人不敢相信。每过一些日子，你又会发现一些好用的小技巧。隔一段时间，对天天用的软件，更新使用模式，是个好习惯。同时，开源程序总具备一种质朴的美。Zotero将电子书或PDF、笔记、引用文献三者放在一起，从下载电子书或PDF，到阅读、做标注、写笔记，再到引用，一条龙服务，非常方便。有特别不满意的地方，源代码公开了，自己修改就好了。
我们还可以自定义这些zotero搜索类别：【2013年看过的书】、【2013年看过的论文】与【2013年写过的读书笔记】、【2013年阅读的最重要的论文】或者【2013年同行评价最高的论文】。年底这么整理一下，温故而知新，也很有成就感:D